Управляющий совет является представительным коллегиальным органом государственно-общественного управления, избираемым на срок полномочий Руководителя Учреждения.

Членами Общего собрания работников образовательного учреждения являются работники Школы № 1998 «Лукоморье», работа в учреждении для которых является основной. Председатель Общего собрания избирается из членов Общего собрания на срок не более трёх лет.

Членами Педагогического совета общеобразовательного учреждения являются Педагогические работники Школы № 1998 «Лукоморье». Председателем Педагогического совета является директор ГБОУ Школы № 1998. Педагогический совет избирает из состава своих членов секретаря Педагогического совета.

В ГБОУ Школе № 1998 "Лукоморье" созданы Советы обучающихся классов и Совет обучающихся школы (ученический совет). Советы обучающихся классов создаются в 9, 10 и 11 классах. Заседания Совета обучающихся класса или Совета обучающихся школы являются правомочными, если в них принимают участие не менее половины от общего числа членов совета. Решения Совета обучающихся класса или Совета обучающихся школы принимаются простым большинством голосов от числа присутствующих на заседании и имеющих право голоса. При равном количестве голосов решающим является голос председателя.